
Su nombre es de origen prehispánico y existen varias versiones acerca de su procedencia; una de ellas dice que deriva del vocablo náhuatl "tzon-coliuh-can", que significa "Lugar de cabeza enmarañada". Otra de las versiones señala que proviene de la palabra náhuatl "zoncolihuitl", que significa "400 plumas", esto debido a que los aztecas pagaban 400 canutos de plumas con polvo de oro al año.
Zongolica fue lugar de residencia de complejos culturales habitados por cazadores y recolectores que tuvieron su momento de esplendor 700 años AC; cuando comenzaron a organizar señorios con centros urbanos, se cree que estos antiguos pobladores hablaban la lengua popoluca, por lo que pertenecían a la cultura Olmeca.
Durante el siglo XII arribaron a la zona grupos nonoalcas-chichimecas provenientes de Tula, los cuales establecieron su centro político en Zongolica. Entre los años 1469-1482 los aztecas con Moctezuma Ilhuicamina al frente conquistaron el lugar, dando lugar a una fuerte influencia de la cultura mexica en la región. En 1522 llegó a la zona una avanzada de frailes franciscanos para iniciar la evangelización, pasando a formar parte de la colonia española en forma de encomiendas.
Es en la época colonial que dio inicio la producción de tabaco, lo que le otorgó un fuerte impulso económico a la región. En el año 1810, el movimiento de independencia en la zona estuvo encabezado por el párroco Juan Moctezuma y Cortés, quién a la muerte de Miguel Hidalgo fue nombrado coronel por José María Morelos. Durante la lucha de independencia la bandera utilizada por los insurgentes zongoliqueños contenía los colores verde, blanco y rojo, era llamada "Bandera Siera" y representa el antecedente más antiguo de nuestro lábaro patrio.
El 12 de diciembre de 1830 Zongolica fue elevada a categoría de Villa y el 18 de noviembre de 1857 fue designada Cantón. El 1 de diciembre de 1910, en un decreto del gobernador Teodoro A. Dehesa, Zongolica fue elevada a la categoría de ciudad. Durante la revolución mexicana la población enfrentó la lucha junto a las fuerzas carrancistas.
Durante la década de los 30's del siglo XX tuvieron lugar las luchas agraristas, que enfrentó a indígenas y terratenientes por alrededor de 15 años. En el año 1947 fue instalada la primera planta de luz y en 1953 llegaron a Zongolica los primeros camiones de pasaje que venían de Orizaba, atravesando por el camino rural. En el año 1973 comenzó la construcción de la carretera Orizaba-Zongolica, en lo que sería una nueva etapa en la historia y el desarrollo de la región.