
De origen náhuatl, el nombre significa cozatli=comadreja, mállotl=cautiverio y apan=río (río de las comadrejas), aunque según el antropólogo Gonzalo Aguirre Beltrán, en el codice Mendocino la representación del jeroglífico de Cosamaloapan es fonético por lo que la traducción correcta sería "en el río del arco iris".
En 1457 los aztecas conquistaron esta tierra, la cual daba tributos a la guarnición de Tuxtepec. Después de la llegada española, Cosamaloapan fue de las primeras divisiones territoriales (corregimientos) en formarse después de la de Guaspaltepec (1534), aunque en el año de 1560 se fusionaron con otras encomiendas conservando el nombre de Guaspaltepec.
Guaspaltepec pasó a ser Alcaldía Mayor en el año de 1640, cambiando su nombre a Cosamaloapan, posteriormente pasó a formar parte de la Alcaldía Mayor de Chinantla hasta el año de 1746. En 1786 se convirtió en una subdelegación de la Intendencia de Veracruz.
En el año de 1825 se formó el Cantón de Cosamaloapan, el cual incluía varios pueblos de la región y era dependiente del Departamento de Orizaba. En el año de 1830 es elevada a la categoría de Villa. Para el año de 1831 ya se encontraba constituido el ayuntamiento de Cosamaloapan.
Se le asignó la categoría de ciudad a Cosamaloapan el 6 de septiembre de 1910 y el 4 de junio de 1918 se renombra el municipio como Cosamaloapan de Carpio, en memoria de uno de los personajes locales más distinguidos, el poeta Manuel Eulogio Carpio Hernández.